The Winhelponline Blog さんで紹介されていたのを実践してみました。
1. HKEY_CURRENT_USER\Software\Classes\Local Settings\Software\Microsoft\Windows\Shell\Bags キーを開きます。
2. その下にあるキーを全て削除します。（フォルダの表示設定が失われますので、必要な場合はバックアップします。）
3.
AllFolders キーを作成して、その下に Shell キーを作成。その下に{5C4F28B5-F869-4E84-8E60-F11DB97C5CC7}キーを作成します。
4.
{5C4F28B5-F869-4E84-8E60-F11DB97C5CC7} キーを選択して、FFlags (DWORD値)を作成します。
2010/07/16追記 43000001 では、自動整列は無効にできますが、有効な状態がデフォルトになってしまいます。
検証不足でした。m(_ _)m
6. 同様に Mode (DWORD値)を作成して、値を 4 にします。
7. コンピューターを開き表示をカスタマイズします。
自動整列が表示されない場合は、AllFolders 以外のキーが残っていて、以前の表示設定が保持されている可能性があります。もう一度削除すると表示されると思います。
標準で自動整列を無効にできないのは、なにかしらの理由も考えられますが、今のところ不具合はありません。
2010年10月16日土曜日より洗練された形にまとめてみました。 Windows7でファイルの自動整列を無効にする2