レジストリ エディターの設定は、ユーザーごとに以下のキーに記憶されていますのでそれを削除すれば設定はリセットされます。
HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Applets\Regedit
regedit.exe を実行すると、キーは再作成されます。
[-HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Applets\Regedit]
お気に入りは以下のキーに設定されています。
HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Applets\Regedit\Favorites
お気に入りを残したいときは、事前にエクスポートしておきクリーニング後にインポートするのが現実的ですが、レジストリ エディターの設定項目は少ないので、.regファイルだけでも、お気に入りを避けてリセットさせることができます。
; leave out Favorites
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Applets\Regedit]
"FindFlags"=-
"LastKey"=-
"MultiStrings"=-
"View"=-