エクスプローラーの左にあるナビゲーション ウィンドウの項目を表示非表示にする方法です。
例としてダウンロードを非表示にしてみます。

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レジストリキーを作成。
HKCU\SOFTWARE\Classes\CLSID\{088e3905-0323-4b02-9826-5d99428e115f}

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System.IsPinnedToNameSpaceTree (DWORD) 値を作成します。

値のデータは 0 のまま。
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ダウンロードメニューを非表示にできました。

対応する CLSID の System.IsPinnedToNameSpaceTree 値のデータを 0 にすると非表示、1 にすると表示されます。
この方法は唯一メニューのあるライブラリの表示の操作とまったく同じです。

注意点は HTML 側の同値は触れずに既定値として残しておくこと。
その他のメニューを非表示にする

ナビゲーション ウィンドウの項目と CLSID の一覧です。
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PC (マイ コンピューター)
{20D04FE0-3AEA-1069-A2D8-08002B30309D} -
3Dオブジェクト
{0DB7E03F-FC29-4DC6-9020-FF41B59E513A} -
ダウンロード
{088e3905-0323-4b02-9826-5d99428e115f} -
ドキュメント
{d3162b92-9365-467a-956b-92703aca08af} -
デスクトップ
{B4BFCC3A-DB2C-424C-B029-7FE99A87C641} -
ピクチャ
{24ad3ad4-a569-4530-98e1-ab02f9417aa8} -
ビデオ
{f86fa3ab-70d2-4fc7-9c99-fcbf05467f3a} -
ミュージック
{3dfdf296-dbec-4fb4-81d1-6a3438bcf4de} -
ライブラリ
{031E4825-7B94-4dc3-B131-E946B44C8DD5} -
ネットワーク
{F02C1A0D-BE21-4350-88B0-7367FC96EF3C}
通常は表示できない項目を表示させる
反対に通常は表示できないアイテムの表示も可能です。

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コントロールパネル
{26EE0668-A00A-44D7-9371-BEB064C98683} -
ユーザーファイル
{59031a47-3f72-44a7-89c5-5595fe6b30ee} -
ごみ箱
{645FF040-5081-101B-9F08-00AA002F954E}