個人的にやってみたレビューです。
Yahoo! JAPAN ID も登録して、設定がすべて完了している状態から変更します。
通知領域から Yahoo!ボックス を終了します。
HKCU\Software\Yahoo!J\Desktop\Storage\長い英数字 を開きます。
(例 D:\Yahoo!ボックス)
この時、フォルダー名の「Yahoo!ボックス」は変更しない方がいいかもしれません。通常のインストールの手順でも、おかしくなりました。
再起動します。
BoxFolder 以外のパスも自動的に変更されます。
元のYahoo!ボックスのファイルは残ったままになっています。
新しいYahoo!ボックスは同期されるまで、結構な時間が掛かりました。
「最新の状態に更新」を何度やっても変化なしでしたので、おそらくサーバーがその気になるまで更新されない仕様になっていると思います。