Advanced Format Disk を使用していて動作が安定しない場合、この KB982018 をインストールしてみてはどうでしょうか？
Windows Update ではオプションの扱いになっていると思います。
以前の Seagate の HDD は、その後も未使用領域が出たり出なかったりで、こわごわ使用していました。 ST2000DL003 は SmartAlignで補正しているので、そちらとの関係はどうなのか心配でしたが、Update後はとても安定しています。
また AFD 以外の Disk も接続されていますが、当然ながら問題ありませんでした。
そもそも 4k セクタを正しく認識していなければ、書き込みなどができなさそうなものですが、速度の低下などがあっても使えてしまうのが、この問題のよく解らないところです。
Wikipedia の Advanced Format Technology には、
(正しく認識するには)
HDD側が正しく通知することと調整機能を備えたOSを利用することの双方が必要
この KB982018 は後者による互換性の向上になると思います。
インストールログを見てみると、2011/02/20 にファイル (Windows6.1-KB982018-x64) からインストール。その後、2011/04/28 に Windows Update にてWindows6.1-KB982018-v3-x64.msu に置き換えられました。
Windowsの対応も開発途上な感じで、これからもっと良くなるかもしれません。
今後の大容量のHDDはすべてアドバンスド・フォーマット対応になるそうですので、互換性が向上して、いずれは全く意識する必要はなくなると思いますが、規格の変わり目には、なにかとトラブルになりますね。